30.09.00 Real Racing Club – Real Madrid 0-0. De pie y de izquierda a derecha: Ceballos, Mellberg, Rushfeldt, Sietes, Pineda y Espina. Agachados: Amavisca, Manjarín, Nafti, Bestchastnykh y Jaime.

El equipo estaba asentado en la máxima categoría, pero como era lógico, en la condición de modesto, tarde o temprano tendría que pisar de nuevo los campos de Segunda. Tras ocho temporadas entre los grandes, a una de su récord de años consecutivos, el equipo descendería, pero sería de manera temporal, pues en un año regresaba al lugar que más habitual ha sido en la historia del club. Se avecinaban años importantes y con hechos nunca saboreados por la afición.

2000-01 - Después de una racha de ocho temporadas consecutivas en Primera División, el Racing no pudo mantener la categoría. Los malos resultados se repartieron entre tres entrenadores que se hicieron cargo del equipo: Andoni Goikoetxea, Gregorio Manzano y Gustavo Benítez. Sería determinante para el descenso la derrota ante la U. D. Las Palmas que jugó con dos futbolistas brasileños que infringieron la norma de la limitación de extranjeros, ya que lo hicieron con pasaportes falsos portugueses. Las reclamaciones no prosperaron a pesar de las protestas y de la movilización del racinguismo. En la Copa del Rey se llegaría a los cuartos de final después de superar al Athletic Club. Fue el Real Zaragoza, que sería campeón, el que finalmente eliminaría al Racing.

2001-02 - El objetivo del ascenso parecía alejarse de las aspiraciones racinguistas tras la séptima jornada, cuando el equipo se mantenía entre los últimos lugares de la clasificación. La llegada de Quique Setién, que se estrenaba como entrenador apoyado por su segundo, Nando Yosu, fue un estímulo que enderezó el rumbo, sobre todo después de la impactante derrota ante el R. C. Recreativo de Huelva en El Sardinero por cinco a uno que supuso un punto de inflexión. Porque a partir de ese día, el Racing de Setién no volvería a perder hasta que consiguió de forma matemática el ascenso, derrotando al Club Atlético de Madrid en Santander con el famoso gol de Moratón. Durante esta temporada, el club presentó un proyecto de construir un centro de ocio en el entorno del campo de fútbol que sería rechazado por el Ayuntamiento de Santander y también inauguraría la hierba artificial de los campos de las instalaciones de La Albericia.

2002-03 - La nueva planificación deportiva del club descansaba en la política de Quique Setién a favor de la cantera, desde su puesto de director general, y en Manolo Preciado, que se encargaría de dirigir al primer equipo. Sin embargo, tras el planteamiento de disolver el club, la irrupción en la escena del nuevo presidente que se presentó como salvador, el ucraniano Dmitry Piterman, con su particular manera de encarar la gestión deportiva, provocó la dimisión de los técnicos. Aunque el entrenador oficial era Jesús Gómez Cos, Piterman bajó al banquillo para “dirigir” al equipo amparándose en la acreditación como fotógrafo de El Periódico del Racing (publicación que él mismo había impulsado), provocando un aluvión de protestas. A pesar de todo, el Racing logró mantener la categoría teniendo a Javi Guerrero como máximo goleador del equipo con 15 tantos.

2003-04 - Piterman abandonó la presidencia al no poder ejercer la opción de compra de las acciones del club que había prometido, y en su lugar se nombró presidente al cántabro Santiago Díaz. Antes de marcharse, el ucraniano logró el empeño personal de ver al Racing participando en una competición europea, para lo cual se inscribió al club en la Copa Intertoto, donde tuvo una discreta actuación. En el campeonato liguero, con la dirección de Lucas Alcaraz, el Racing realizó una excelente primera vuelta, terminando en la décima posición de la tabla clasificatoria. En la segunda, los resultados no fueron tan buenos y cuando la afición miraba el horizonte de una posible clasificación para disputar la U. E. F. A., el equipo se hundió, aunque al final no tuvo problemas para mantener la categoría.

2004-05 - El comienzo liguero fue muy irregular para el Racing y poco después de comenzar la segunda vuelta, el entrenador, Alcaraz, fue destituido cuando el equipo se incluyó entre las tres últimas posiciones que designaban los puestos de descenso. Por ese motivo, el consejo de administración nombró a Yosu como entrenador, mientras que se recuperaba a Preciado como secretario técnico. La labor de Yosu volvería a ser eficaz, confirmando sus dotes para obtener el máximo provecho de los futbolistas en momentos delicados, ya que lograría la permanencia con dos jornadas de antelación, con victorias importantes, como las obtenidas ante el Club Atlético de Madrid (2-1) y el R. C. Deportivo de la Coruña (1-4), teniendo como hombres claves a goleadores como Mario Regueiro, Javi Guerrero y Benayoun.

2005-06 - El Racing recobraría la vieja costumbre de los torneos veraniegos con la organización del Trofeo 250 aniversario de Santander, efeméride de la concesión del título de ciudad, donde además del Racing, participarían la Real Sociedad de San Sebastián y el Club Atlético de Madrid. Los madrileños, al superar a los cántabros en los lanzamientos de penaltis, se llevarían el trofeo. En la Liga, Manolo Preciado se hizo cargo de la labor de entrenador. Durante todo el campeonato, su delantera tuvo problemas para hacer goles, aunque protagonizó triunfos muy celebrados, como el obtenido en el Bernabéu frente al Real Madrid. Las cosas se agravarían en la segunda vuelta y tras la derrota en Getafe, Preciado, que reconoció que no podía sacar más provecho de la plantilla, presentó su dimisión, dejando las riendas a Nando Yosu que encaró los últimos y decisivos partidos al filo del descenso. La victoria frente al C. A. Osasuna, con goles de Pablo Alfaro y Antoñito, garantizaría la permanencia a falta de una jornada.

2006-07 - Un nuevo proyecto deportivo, liderado por Miguel Ángel Portugal, entusiasmó a la afición racinguista cuando recuperó a tres importantes jugadores que enriquecerían al equipo: Pedro Munitis, Gonzalo Colsa y Luis Fernández. Pero si hubo un jugador que en esa temporada sería determinante, ése fue el serbio Nikola Zigic, que solucionó los problemas del ataque y además anotó once goles, formando un dúo muy eficaz con Munitis. El Racing navegaría por la templanza y tranquilidad durante la temporada, obteniendo un décimo puesto que incluso le permitió optar a los puestos europeos que finalmente no pudo conseguir. Uno de los partidos más recordados fue la victoria por cinco a cuatro frente al Athletic Club de Bilbao, en El Sardinero, que además supuso un homenaje especial para Nando Yosu y el inicio de la costumbre de cantar en las gradas la popular canción montañesa de “Ayer te vi que subías”, más conocida como “La fuente de Cacho”.