La guerra civil produjo un retraso enorme en la evolución del fútbol español, y más si cabe en Santander. Disminuyó el número de gente que acudía a los Campos de Sport y cada vez menos gente se dedicaba a jugar al fútbol, disminuyendo con ello el potencial del equipo poco a poco hasta caer en Tercera División, aunque sólo fuera por una temporada. Cuando parecía que el equipo se había recuperado y se aspiraba a retornar a Primera, se volvió a descender, aunque en definitiva, la década de los cuarenta fue una época difícil en la historia del Racing.

1940-41 - Esta temporada es la primera del Racing en la división de plata. Casualmente, el Racing pasa a llamarse Real Santander, debido a una disposición del Consejo Nacional de Deporte, prohibiendo a todos los clubes el uso de nombres extranjeros, aunque siempre fue conocido como Racing. El Racing comienza con optimismo su competición, enclavado en el primer grupo de la Segunda División, pero pronto se vio que no había equipo para ascender, quedando al final en la mitad de la tabla. El año fue muy malo en general. Saras se fracturó la pierna derecha contra la Real Sociedad. La directiva hubo de tomar medidas disciplinarias contra la plantilla debido a su apatía. La ciudad se incendió y se acabó sextos en la clasificación.

1941-42 - Corren malos aires por Santander. El incendio que ha asolado a la ciudad perjudica mucho a todas las actividades de Santander y por supuesto, al fútbol. El Racing se debate en precarias condiciones. Tanto es así que al comenzar la temporada sólo cuenta con 14 jugadores en su plantilla. La temporada fue breve y aciaga. Sólo fueron 14 jornadas y en ninguna de ellos destacó el Racing por el buen juego. El principio fue prometedor, con dos victorias y cuatro empates en las seis primeras jornadas, e incluso se pensó en algún momento, en conseguir uno de los dos puestos que daban derecho a disputar los puestos de promoción al ascenso. Tras la Liga, se jugaron los partidos de clasificación para jugar las eliminatorias de Copa, aunque sin ninguna ilusión. La mejor noticia de esta temporada fue la inauguración de los Campos del Rayo Cantabria en la carretera del Faro el 31 de agosto, además del homenaje que se le dispensó a Telete.

1942-43 - Esta temporada es peor que la anterior, ya que el Racing desciende por primera vez en su historia a Tercera División. La afluencia de público disminuyó tanto, que incluso se pensó en trasladar los Campos de Sport. Los buenos jugadores que salían de la cantera cántabra se iban a otros quipos. Este mal momento, coincidió con la reducción de la Segunda División, que pasó de contar con veinticuatro equipos a solamente catorce. El Racing sólo fue capaz de sacar un punto fuera de casa y acabó penúltimo en su grupo, debiendo disputar una liguilla de permanencia junto con otros cinco equipos. Quedó tercero y por lo tanto descendió. La directiva dimitió y la Federación Astur-Montañesa se tuvo que hacer cargo del equipo hasta coger Hermosilla la presidencia. Esta temporada también se produjo la muerte de Víctor, el que había sido defensa del Racing y que actuaba en el R. C. Deportivo coruñés.

1943-44 - El equipo atraviesa un mal momento, al igual que la ciudad. Son momentos duros, momentos de depresión. Los aficionados no asumen que su equipo está en Tercera División, y por suerte sólo lo está unos meses. El Racing va pasando fases y al final obtiene el tan ansiado ascenso. Fue una campaña dura donde hubo que jugar numerosos partidos contra rivales de, a priori menor entidad y en los que se sufrió en algunos momentos. Un gol de Soberón ante el Club Ferrol daba el ascenso al Racing y el último partido en los Campos de Sport fue un homenaje de la afición a los protagonistas. Al terminar la campaña, la directiva comunicaba que se habían obtenido buenos resultados económicos.

1944-45 - El Racing vuelve a Segunda División y se refuerza con la intención de volver cuanto antes a la máxima categoría. Andonegui es el nuevo entrenador. El juego en Segunda es muy diferente a Tercera y el equipo debió acostumbrarse rápidamente. La adaptación no fue fácil y el Racing comenzó ocupando los últimos lugares de la tabla aunque poco a poco se fue entonando. A medida que avanza la Liga el juego del Racing es más efectivo, aunque muy irregular. Al final ocupó el sexto lugar en la tabla, siendo el más goleado de la Liga. Hay que destacar, que esta temporada el Racing consiguió marcar en todos los partidos.

1945-46 - La directiva aprovecha el parón estival para ensanchar la tribuna de los Campos de Sport. El conjunto mantuvo a todo lo largo de la Liga una actuación muy discreta en la zona media baja de la tabla. Las lesiones fueron abundantes durante toda la temporada y no ayudaron en nada a mejorar el conjunto. La delantera racinguista fue la más goleadora de toda la competición. La primera vuelta se caracterizó por la obtención de buenos resultados en casa, y malos en las salidas. La directiva intentó reforzar el equipo aunque no fue suficiente para conseguir el ascenso. Una vez finalizado el campeonato, era elegido nuevo presidente Ramón Santiuste, que en los años veinte había sido destacado jugador del Racing además de presidente.

1946-47 - Se comienza la temporada con la aspiración de obtener buenos resultados e incluso con la posibilidad de obtener el ascenso. No sólo no se produjo el ascenso, sino que además el Racing caía por segunda vez en su historia al pozo de la Tercera División. Ocupó durante la mayor parte de la temporada el "farolillo rojo" de la competición, puesto que abandonó casi al final del campeonato, derrotando al Real Betis en los Campos de Sport, y que le dio opción a disputar la fase de promoción por la permanencia. El rival era el Real Valladolid, y tras una gran polémica, el partido se disputó en Oviedo. El partido causó una gran expectación y la afición acompañó en masa al equipo. Además, el partido fue retransmitido en directo por radio. Sin embargo, la superioridad vallisoletana fue patente y el Racing se vio impotente para detener a los pucelanos. El descenso trajo consigo la dimisión del presidente, Ramón Santiuste.

1947-48 - Otra vez en Tercera División. El nuevo presidente, Luis Pombo, expresó a su llegada, la clara intención de retornar a la división de plata cuanto antes. Patrick O´Connell era el entrenador elegido para devolver al Racing a Segunda, quizás por haber sido la persona que dirigió al gran Racing que disputó el primer Campeonato Nacional de Primera. El equipo se refuerza y al final del campeonato queda bien de manifiesto que había sido, sin discusión alguna, el mejor de la categoría. Consiguió el ascenso, siendo el mejor en todas las fases que hubo de disputar para ello. El Racing ganó los diecinueve partidos que disputó en su estadio. Lo más triste de esta campaña, fue la muerte inesperada del presidente Luis Pombo, no pudiendo disfrutar del ascenso. La mayor novedad de cara a la siguiente campaña, es la desaparición de los postes cuadrados, sustituidos por unos que deberán tener una sección curva con una arista al frente para evitar los posibles goles fantasma.

1948-49 - La euforia vuelve de nuevo a Santander. La ciudad va tomando otro aire y el optimismo vuelve a reinar en la capital cántabra. Los aficionados se las prometían muy felices. La nueva directiva, presidida por Manuel San Martín, inicia la construcción de la tribuna norte, que ocupa el lugar de la antigua "gradona de los malditos". Todo empezó de maravilla. Sin embargo, pronto la marcha del Racing empezó a ser irregular. Inesperadamente, cuando el equipo marchaba desahogadamente en el centro de la tabla, se pierden tres partidos consecutivos en los Campos de Sport, no obteniéndose ni un sólo punto en cinco jornadas, lo que coloca al equipo en posición de descenso. O´Connell dimite de su cargo, haciéndose la directiva con las riendas del equipo y nombrando como técnico a Paco Hernández. En la penúltima jornada, el Racing consigue en Badalona un valioso punto que salva "in extremis" del descenso al equipo racinguista. Al acabar la temporada el Racing disputa varios encuentros ante equipos extranjeros para jugar amistosos y Taioli es nombrado nuevo entrenador.